Ахтопол возник как колония города Афины на болгарском побережье в IVв. до н.э. и связан с управлением Перикла. Назывался первоначально Агатополис – «агатос» - хороший, «полис» - город. При римлянах превращается в военизированное поселение, используемое в постоянных стычках с фракийцами. В Средние века многократно переходил от Византии к болгарскому государству и обратно. В середине ЧМ века вместе с другими причерноморскими городами захвачен турками-османами. Однако отличное местоположение век спустя уже превращает Ахтопол в торговый центр южного побережья. Сохранилась церковь «Вознесение Господне» построенная в 1776 г., следы монастыря «Святой Яни» XII века, части крепостной стены, местами достигающие 8 м и ширины 3,5 м.
После Освобождения в 1879 г. южное Причерноморье осталось под турецкой властью. Болгарское население переселяется в освободившиеся районы. Окончательно эти земли включаются в пределы болгарского государства только в 1913 г.
К началу XXIв. Ахтопол стал городом, который благодаря ускоренному строительству постоянно развивался и вернул славу красивого туристического курорта.
Расположен в подножии гор Странджа и часть одноименного природного парка.